ФЕДЕРАЛЬНОЕ ГОСУДАРСТВЕННОЕ БЮДЖЕТНОЕ УЧРЕЖДЕНИЕ НАЦИОНАЛЬНЫЙ МЕДИЦИНСКИЙ ИССЛЕДОВАТЕЛЬСКИЙ ЦЕНТР АКУШЕРСТВА, ГИНЕКОЛОГИИИ ПЕРИНАТОЛОГИИ
имени академика В.И. Кулакова
Министерства здравоохранения Российской Федерации

Плагины для автоматизации процесса обработки данных сиквенса для ION Torrent Suite

Наша лаборатория тесно сотрудничает с отделом генетических методов центра, на вооружении которого находятся несколько приборов секвенирования нового поколения (NGS) под управлением системы IonTorrent Suite. Задачи обработки результатов сиквенса выходят за рамки возможности системы управления, результаты работы секвенатора требуют дальнейшего анализа, передачи, хранения, интеграции с другими системами центра.

Все эти задачи решаются с помощью плагинов для системы IonTorrent Suite, автоматически запускаемые после окончания обсчета, плагины позволяют автоматизировать многие процессы в лаборатории и ускорить выдачу конечных результатов.


Стэк:

  • Python
  • R