Определение аллелей генов HLA

Определение аллелей генов HLA – актуальная задача при подборе доноров, осложняющаяся высокой полиморфностью. В нашей лаборатории разрабатывается программное обеспечение, позволяющее решить данную задачу с наибольшей точностью за приемлемое время работы. Множество настраиваемых параметров учитывает специфику лабораторной части. Используются технологии параллельных вычислений OpenMP и NVIDIA CUDA. Применяются алгоритмы динамического программирования, PAM кластеризации, BWA.

ПО тестировалось для анализа данных по результатам ампликонного секвенирования на платформе Ion Torrent.

Из преимуществ стоит отметить представление результатов в различных номенклатурах, большая точность в определении правильных аллелей при допустимом времени работы, хранение дополнительной информации: покрытия, выравнивания, отличия от референса (поиск новых аллелей).

Приоритетными направлениями в дальнейшей разработке останутся повышение качества анализа, уменьшение времени работы программы, тестирование на других платформах секвенирования. Также производится расширение функционала для использования на других задачах (напр. определение аллелей KIR).

Таблица 1. Сравнение разработанной нами программ с другими программами

image