Микрочипы

Мы работаем с микрочипами:

  • Экспрессионными
  • Метильными
  • SNP-чипы

Типичный пайплайн работы:

  • загрузка данных с прибора/с серверов GEO/ArrayExpress
  • нормализация данных, выявление аутлайеров

density

  • визуализация данных после снижения размерности:
    • PCA pca
    • NMF
    • MDS
    • Кластеризация
    • Корреляция между образцами corr
  • Выявление дифференциально экспрессированных/метилированных геновheatmap volcano
  • Выявление биологического смысла в списках изменённых генов:
    • обогащение KEGGkegg
    • обогащение GEO
    • определение клеток со схожей экспрессией
    • поиск потенциальных микроРНК-регуляторов
    • поиск общих транскрипционных факторов
    • построение генных сетей